Kisubi a été la troisième fondation ougandaise des Sœurs Missionnaires de Notre Dame d’Afrique. Dès 1903, les Pères blancs avaient mis en place une unité de soins de santé à Kisubi touchée par la maladie du sommeil.
Bientôt, le nombre de patients “Mmongoota” (maladie du sommeil) augmenta rapidement et un dispensaire s’avéra nécessaire. Mgr Henry Streicher, alors vicaire apostolique du Vicariat d’Ouganda, décida d’envoyer une équipe de sœurs à Kisubi pour combattre ce fléau.
En décembre 1905, les cinq premières sœurs : Mère Saint Honorat, Paula, Anna, Rodolphe d’Aquaviva et Jean Nepomucene arrivèrent de Lubaga. En janvier 1906, après une journée de recueillement, on entreprit immédiatement, avec l’aide de la population locale, la création d’une unité de soins de santé ; quelques cabanes furent construites où l’on soignait les patients souffrant de maladie du sommeil. Sœur Paula et Sœur Anna se chargeaient des ” dormeurs “, Sœur Jean Népomucène reprit les enfants et la sacristie, tandis que Sœur Rodolphe d’Aquaviva s’occupait de la maison.
Bien que les sœurs aient voulu que cette fondation se consacre principalement à la prise en charge des “dormeurs”, elles ont aussi entrepris des œuvres de charité, comme partout ailleurs : le travail de dispensaire et l’éducation des enfants des environs.
Les sœurs ont reconnu la valeur de l’éducation et de la religion. En 1908, elles pénètrent dans la communauté locale et encouragent les jeunes filles à venir s’initier à certaines compétences et valeurs religieuses. En 1915, elles ouvrent une école de filles à Kisubi. Quelques parents permirent à leurs filles d’aller chez les sœurs pour recevoir une instruction. L’accent était mis sur l’enseignement du catéchisme, ce qui eut une grande influence sur l’éducation des enfants à l’égard du Christianisme.
Le plus important, dans l’histoire de l’école, c’est en 1922 quand les parents ont estimé que leurs fils étaient exclus du système éducatif et ont demandé qu’au moins les petits garçons apprennent les rituels de l’église. En 1931, les garçons furent officiellement inscrits à l’école de la maternelle de St. Jean et c’est à ce moment que les garçons furent admis dans une école pour filles.
En janvier 1970, la direction de l’école primaire fut confiée aux Sœurs du Cœur Immaculé de Marie Réparatrice (Sœurs Gogonya) et en février 1988, la gestion de l’hôpital de Kisubi passa effectivement aux Sœurs du même Institut.