Le Protévangile de Jacques (II° siècle) indique la naissance de la Vierge Marie dans le voisinage du Temple ; et les pèlerins déjà depuis le V° siècle visitaient à la piscine probatique l’église du paralytique et de “Sainte Marie là où elle est née”.
Cette église, détruite avant l’arrivée des Croisés, fut construite au lieu actuel de Sainte Anne, avec un grand monastère, pourvu de revenus royaux, où finirent leur vie AUDE, épouse du roi BEAUDOUIN I°, et Judith, fille de BEAUDOUIN II et sœur de la reine MÉLISANDRE.
En 1192, ainsi que l’indique une inscription arabe sur le tympan de la grande porte, l’église fut transformée par Saladin en un collège shiafi’ite ; d’où vient le nom de Salahiye.
Durant l’occupation musulmane, les frères franciscains de la Custodie de Terre Sainte utilisèrent tous les moyens pour obtenir l’accès, de temps en temps, à la crypte, pour y prier avec leurs pèlerins. Ils ne pouvaient y entrer qu’en y descendant par une fenêtre que l’on peut encore voir aujourd’hui de la plateforme par laquelle on entre dans la crypte de la naissance de Marie.
Dès le XV° siècle, les franciscains obtinrent un firman qui permettait de célébrer la Messe (ce qui se faisait avec difficulté et crainte) le 8 septembre, fête de la naissance de la Vierge, et le 8 décembre, fête de l’Immaculée Conception.
En 1856, après la guerre de Crimée, l’édifice fut donné à la France par le sultan ABDUL MAJID. L’église, restaurée avec soin, fut en 1878 confiée aux soins des Pères Blancs fondés par le cardinal Charles LAVIGERIE.
Durant la guerre de 1967, la basilique et sa coupole furent très endommagées par les bombardements israéliens. Dans les années suivantes, l’église fut restaurée sous la direction des architectes M. TROUVELOT et P. COUASNON OP.
Le 14 juillet 1971, jour de la fête nationale de France, elle fut solennellement ouverte de nouveau au culte.